refactor: 统一导入方式，移除 sys.path 操作

- 重构所有模块导入，移除 sys.path.insert
- 统一使用 from backend.xxx 的绝对导入方式
- rag_core 包内使用相对导入（from .xxx）
- 移动 visualize_graph.py 到 tools/ 目录
- 添加必要的 __init__.py 文件
- 清理废弃文档和脚本

tools/test/simple_delete.py

@@ -6,10 +6,7 @@
 import sys
 import os
 
-project_root = os.path.join(os.path.dirname(__file__), "..", "..")
-sys.path.insert(0, os.path.join(project_root, "backend"))
-
-from rag_core.client import create_qdrant_client
+from backend.rag_core.client import create_qdrant_client
 
 
 def delete_collection():