refactor: 统一导入方式，移除 sys.path 操作

- 重构所有模块导入，移除 sys.path.insert
- 统一使用 from backend.xxx 的绝对导入方式
- rag_core 包内使用相对导入（from .xxx）
- 移动 visualize_graph.py 到 tools/ 目录
- 添加必要的 __init__.py 文件
- 清理废弃文档和脚本

rag_indexer/cli.py

@@ -11,19 +11,8 @@ from dotenv import load_dotenv
 # 加载 .env 文件
 load_dotenv()
 
-# 添加项目根目录和 backend 目录到 Python 路径
-sys.path.insert(0, str(Path(__file__).parent.parent))
-sys.path.insert(0, str(Path(__file__).parent.parent / "backend"))
-
-# 导入方式：条件导入，支持作为脚本运行和作为包导入
-if __name__ == "__main__":
-    # 作为脚本直接运行时使用绝对导入
-    from rag_indexer.index_builder import IndexBuilder, IndexBuilderConfig
-    from rag_indexer.splitters import SplitterType
-else:
-    # 作为包导入时使用相对导入
-    from .index_builder import IndexBuilder, IndexBuilderConfig
-    from .splitters import SplitterType
+from rag_indexer.index_builder import IndexBuilder, IndexBuilderConfig
+from rag_indexer.splitters import SplitterType
 
 logging.basicConfig(
     level=logging.INFO,