refactor: 统一导入方式，移除 sys.path 操作

- 重构所有模块导入，移除 sys.path.insert
- 统一使用 from backend.xxx 的绝对导入方式
- rag_core 包内使用相对导入（from .xxx）
- 移动 visualize_graph.py 到 tools/ 目录
- 添加必要的 __init__.py 文件
- 清理废弃文档和脚本

rag_indexer/__init__.py

@@ -38,10 +38,6 @@ from .config import (
 )
 
 # 从 rag_core 重新导出常用组件
-import sys
-from pathlib import Path
-sys.path.insert(0, str(Path(__file__).parent.parent / "backend"))
-
 from backend.rag_core import (
     LlamaCppEmbedder,
     QdrantVectorStore,