refactor: 整理文件夹结构，修复 create_serde 导入问题

- 移动 main_graph/tools/ 到 deprecated/main_graph_tools/（旧架构工具）
- 移动 rag_initializer.py 和 retry_utils.py 到 core/
- 清理 main_graph/nodes/ 里的旧节点到 deprecated/
- 修复 backend.py 中 create_serde 导入问题

backend/app/deprecated/main_graph_tools/__init__.py

@@ -0,0 +1,10 @@
+"""主图工具"""
+from .graph_tools import AVAILABLE_TOOLS, TOOLS_BY_NAME
+from .subgraph_tools import SUBGRAPH_TOOLS, SUBGRAPH_TOOLS_BY_NAME
+
+__all__ = [
+    "AVAILABLE_TOOLS",
+    "TOOLS_BY_NAME",
+    "SUBGRAPH_TOOLS",
+    "SUBGRAPH_TOOLS_BY_NAME",
+]